Los primeros indicios de presencia humana en las tierras de Mancha Real se remontan al Paleolítico, en el asentamiento de El Soguero. En el Neolítico (V y IV milenio a C) y la Edad del Bronce (III milenio a C) se produjo una proliferación de asentamientos en esta zona, entre los que se cuentan los de Piedras Gil, Cerro Moreno, Cerro Alcalá y Peñaflor. La etapa ibérica ha quedado constatada en los asentamientos de El Toril y Las Casicas. El primero ha sido identificado con la legendaria ciudad de Letrania, aunque otros sitúan aquí otra hipotética ciudad, Gaiscal.
En época romana se localiza en Cerro Alcalá la Ossigi Latonium, citada por las fuentes, que gozó de un estatuto privilegiado. En su entorno proliferaron un gran número de villas: El Pino, Cirueña, Las Pilas, La Puente, etcétera.
Durante época islámica la zona estaba poblada por pequeñas aldeas o alquerías, una de estas es la de Peñaflor, que por los estudios arqueológicos conocemos que contaba entre 20 y 30 viviendas. Tras la conquista cristiana se mantuvo este poblamiento disperso en torno a torres de control, entre las que se cuenta las de Peñaflor, el Risquillo, la Torre del Sordo, etcétera.
En cuanto al núcleo actual de población, la ciudad de Mancha Real fue fundada por Carlos V en el año 1537, dando con ello cumplida cuenta de los deseos expresados por su madre doña Juana, en 1508. La villa tomó el nombre de La Manchuela. El motivo de su fundación se enmarca en el proceso repoblador de estas tierras tras la finalización de la Reconquista, para salvaguarda y defensa de los caminos.
La previsión inicial para la Manchuela era acoger unas 100 familias, pero pronto quedó desbordada ante el aluvión de gentes de los pueblos de los alrededores que se asentaron en este lugar. Tan sólo 50 años después de su fundación ya contaba con 1.660 habitantes.
El auge y consolidación de la Manchuela como núcleo poblacional determinó la lucha por su independencia de la ciudad de Jaén desde prácticamente los albores de su fundación, 1557. Felipe II le concedió el título de Villa, no sin antes haber desembolsado sus vecinos una importante suma de dinero, 58.000 reales. Pese a este reconocimiento no cesaron los conflictos entre esta villa y la ciudad de Jaén.
De la importancia que adquirió La Manchuela es testimonio la parada en el viaje regio de Felipe IV en 1635 en este lugar, lo que propició su cambio de denominación por el actual de Mancha Real.
La población siguió creciendo a lo largo del XVIII, hasta llegar a duplicar la cifra del XVI, a finales de la centuria. A mediados del XIX ya contaba con unos 3.996 habitantes y a finales sobrepasaba los 6.000.